Badanie jest przeprowadzane w pozycji leżącej na lewym boku. Wcześniej należy usunąć ewentualne protezy zębowe. Po miejscowym znieczuleniu gardła za pomocą lignokainy w aerozolu umieszcza się między szczękami plastikowy ustnik (celem ochrony delikatnego instrumentu). Następnie wprowadza się do jamy ustnej fiberoskop o średnicy 0,9 cm, W momencie w którym pacjent wykonuje ruch przełykania, lekarz pod kontrolą wzroku wprowadza aparat delikatnie do przełyku. Moment ten wymaga współpracy pacjenta z lekarzem. Samo badanie jest bezbolesne, a czas trwania wynosi zwykle kilka minut. Aparat służący do badania podlega każdorazowo dezynfekcji, więc zainfekowanie chorego w trakcie badania jest praktycznie niemożliwe. Wycinki błony śluzowej pobiera się sterylnymi szczypczykami, co również zabezpiecza przed zakażeniem.