Gastroskopia jest badaniem inwazyjnym, jednakże do powikłań w trakcie badania dochodzi niezmiernie rzadko. Wyjątkowo może nastąpić perforacja ściany przewodu pokarmowego lub krwawienie (głównie po pobraniu wycinków), powikłania te wymagają najczęściej leczenia chirurgicznego. Jeszcze rzadziej dochodzi do objawów ze strony innych układów i narządów, takich jak zaostrzenie choroby wieńcowej, atak astmy lub padaczki lub zatrzymanie akcji serca. Aby zapewnić Państwu maksimum bezpieczeństwa i ograniczyć do minimum ryzyko powikłań, badania wykonuje doświadczony zespół, wysokiej klasy sprzętem. U osób obciążonych poważnymi chorobami przy badaniu asystuje anestezjolog.